Um Speicherplatz zu sparen kann man das Verzeichnis /usr/portage/distfiles/ automatisch säubern lassen (hier werden sämtliche von emerge heruntergeladene Quellen gespeichert). Dazu gibt es natürlich auch schon das passende Tool in dem Paket app-portage/gentoolkit. Es heißt eclean.
Um es aufzurufen reicht der Aufruf des Befehls (als root)
eclean-dist
Danach ist erst einmal einiges an Speicherplatz freigeschaufelt.